劇情簡介
★<２０週年大放送>！全新的柯南特別篇！★琴酒與新一第一次交手的過程！★揭露以往未能公開的懸案：讓柯南、灰原哀縮小的「APTX4869」藥物的秘辛★青春熱血的「少年偵探團」曾調查過的神祕案件★備受關注的人氣角色的行動及想法將陸續曝光高中生偵探工藤新一與毛利蘭在熱帶樂園約會時，意外發現行動詭異的黑衣男子——琴酒等人，新一便發揮他的偵探精神獨自跟蹤他們，沒想到竟被灌下神秘毒藥“APTX4869”。醒來的新一發現自己居然變成小孩子的模樣……。查覺到自己可能捲入危機，他化名為“江戶川柯南”，一邊寄住在小蘭家中，技巧性的利用過氣偵探毛利小五郎偵破許多案件，並一直尋找著黑衣人的蹤跡，希望有朝一日將其繩之以法，並變回原來的樣子，一篇篇故事就這樣展開......